Die Bibliothek des letzten Naumburger Bischofs ist eine einzigartige private Gelehrtensammlung des 16. Jahrhunderts, die annähernd 2.000 Titel aus allen Wissensgebieten seiner Zeit vereint. Der Bischof bestimmte in seinem Testament, dass seine Bücher in der Zeitzer Stiftsbibliothek verbleiben sollten, wo sie sich bis heute erhalten haben.
Bemerkungen von der Hand Pflugs belegen dessen intensive Lektüre und Beschäftigung mit den unterschiedlichsten Themen. Viele Bücher sind ihm von den Autoren oder Herausgebern persönlich gewidmet oder geschenkt worden, andere zeichnen sich durch eine besonders prachtvolle Gestaltung oder reich verzierte Einbände aus.
Bei dem Bestand handelt es sich um eine humanistische Gelehrtenbibliothek mit Werkausgaben von Aristoteles, Cicero, Horaz oder Homer, daneben zahlreiche juristische Werke, aber auch Titel aus dem Bereich der Theologie, Mathematik, Medizin und Naturkunde. Mit insgesamt 157 Titeln von Martin Luther handelt es sich zudem um eine der bedeutendsten zeitgenössischen Sammlungen reformatorischen Schriftguts.
Bis zum Ende des Jahres 2021 soll der Gesamtbestand digitalisiert und bibliografisch erschlossen online zur Verfügung gestellt werden.